Mustafa Kemal Paşa Samsun’a gelir gelmez yoğun bir faaliyete girişti. Zira Samsun çevresi, yabancı müdahalesine kılıf hazırlamak isteyen Pontus Rum çetelerinin yarattığı huzursuzluk içindeydi. Mutasarrıf pasif bir tutum izlemekteydi. İkinci bir İzmir faciasına meydan verilmemeliydi. Dolayısıyla Mustafa Kemal Mutasarrıfın âcilen değiştirilmesini önerdi ve geçici olarak 3. Kolordu Komutanı Refet Bey’i bu işle görevlendirdi. Sadaret aynı gün verdiği cevapta (21 Mayıs 1919), bu girişimi ve mutasarrıflık için Mustafa Kemal’in önerdiği Hamit Bey’in atanmasını onayladı76.
Mustafa Kemal Samsun’a çıktığında, şehirde İngiliz işgal kuvveti vardı. Bunlar daha iki gün önce 100 kişilik bir takviye kuvveti almışlardı. Ordu Müfettişi 20 Mayıs 1919 tarihli raporunda: “İngilizler ateşkese uymuyorlar. İstedikleri yere asker çıkarıyor ve içerilere gönderiyorlar. Bu hal, asayişi sağlama görevimi zorlaştırmakta ve halkın güvenini sarsmaktadır. Ateşkes hükümlerine ve millî haklara aykırı olan bu durumun önlenmesini” istedi. Keza aynı gün sadaret makamına: “İzmir’in işgali olayının milleti ve orduyu tarifsiz derecede içten yaraladığını, ne millet ve ne de ordu varlığına karşı yapılan bu haksız tecavüzü kabul edemeyeceklerini, bu sebeple Padişah ve hükümetin milletin hukukunu korumak için en kesin girişin ve icraatta bulunacaklarına inanıldığını” belirtti.
Damat Ferit verdiği cevapta: “Asker çıkarılmasının ateşkesin 7. Maddesine dayandırıldığı, ancak gerekli girişimlerin yapılmasının tabiî olduğunu” bildirdi77.
Mustafa Kemal birkaç subayını Samsun’daki İngiliz işgal kuvvetleri karargâhına gönderdi. Bu subaylar asayiş durumu, İzmir’in Yunanlılarca işgal edilmesi olayı etrafında İngiliz subaylarla fikir teatisinde bulundular, özellikle Türklüğün yabancı idaresine tahammülü olmadığını vurgulamaya özen gösterdiler.
Mustafa Kemal Paşa’nın esas görevlerinden biri bölgesindeki asayişsizliğe yol açan nedenleri saptamak ve bunları önlemek için gerekli önlemleri almaktı. Samsun’a varışından 4 gün sonra bu konudaki görüşlerini şu şekilde dile getirir.78a
“... Seferberlik başlangıcında, asker kaçaklarıyla Rumlar, Ermeniler ayrı ayrı çeteler halinde faaliyete geçerek bir süre politika ile ilgili olmayan haydutluklar yaptılar. Daha sonra bunlar siyasî tutum içine girdiler. Rus istilâsı ile destek buldular. Mütarekeden sonra din adamlarının da ön ayak olmasıyla, Pontus Devleti kurmak için açıktan açığa harekete geçmişlerdir. Bugün Samsun civarında 40 kadar Rum Çetesi vardır. Bunlar tamamen siyasî bir nitelik kazanmışlardır. Liva’nın bütün Rumları çetelerle beraber Samsun’daki Rum komitesi ve özellikle Rum metropoliti Yermanos tarafından yönetilmektedir. Bunların siyasî amaçlarla yaptıkları tecavüzler yüzünden müslüman halk telaş ve heyecan içindedir. Ahali kendini, para ile Müslüman çetesi temin etmek suretiyle korumaya çalışmaktadır. Rum çeteleri İslâm halkını tehdit altına almış ve onları ortadan kaldırmaya girişmiştir. İslâmlar savunmadadır. Meydana gelen İslâm çeteleri düzenli bir programa sahip değildirler. Liva dahilinde ezici bir çoğunluğa sahip olan Müslümanlar ürkek bir vaziyette, mal ve canlarından endişe içindedirler. Rumlar Müslümanları huzursuz eden siyasî emellerinden vazgeçerlerse, şekavet derhal kalkacaktır... durumun gerektirdiği bütün tedbirler alınmaktadır78b.
Mustafa Kemal, görevli olduğu bölgenin asayiş ve güvenliğinin sağlanabilmesi için Samsun Livası ve Amasya bölgesinde jandarma ve nizamiye kuvvetlerinin yetersiz kaldığını belirterek bölgede bir miktar efradın silâh altına alınarak, bunlardan elverişli olanların jandarmaya ayrılmasını, Doğuda Ermeni saldırılarına karşı 15. Kolordu mevcudunun gerekirse artırılmasını önerdi. Bundan başka bir tedbir olarak asayişi sağlamakla görevli olduğu bölgelerden en hassasının Samsun Livası olduğunu bu sebeple eşkıya takibi, komitelerin faaliyetlerini gizleme, çarpışmalarda yararlık gösterenlerin ödüllendirilmesi için örtülü ödenekten âcilen mahallerine ödenek gönderilmesini teklif etti.
Hükümet silâh altına yeni asker alınmasını, siyasî sakıncası nedeniyle, uygun görmedi. Ama, jandarma maaş ve tahsisatının artırılması dolayısıyla gönüllüler yoluyla, jandarmanın takviye edilmesini onayladı. Ayrıca örtülü ödenekten gereken miktarın mahallerine âcilen gönderilmesini kararlaştırdı. Kurul ayrıca, Harbiye Nezaretinin teklifi üzerine, Mustafa Kemal Paşa ve maiyetine, ödenek ve yolluklarının yanısıra, eşkıya takibi dolayısıyla seyyar olduklarını göz önünde tutarak maaşlarının % 50’si kadar zam yapmayı da 1 Haziran’da karara bağladı79.
Samsun işgal altındaydı. Çevrede Rum çeteleri kol gezmekteydi. Dolayısıyla Mustafa Kemal, güvenlik açısından burada kalmayı uygun görmedi. 6 günlük bir ikametten sonra, iç bölgeyi teftiş ve kaplıcalarından yararlanmak gerekçesiyle, 25 Mayıs’ta Havza’ya geldi. Havza’da işgal kuvvetlerinin uzağında, daha rahat hareket imkânı vardı. Nitekim Paşa, gelir gelmez Havzalılara içinde bulunulan durumu: “Düşman bizi öldürmek niyetinde değildir. Düşmanın niyeti bizi diri diri gömmektir. Şimdi çukurun tam kenarında bulunuyoruz. Son bir gayretle kendimizi kurtarmamız mümkündür. Zaten başka bir imkân yoktur.” sözleriyle uyardı. Vatanı kurtarmak maksadıyla halkı direnmeye ve millî haklara sahip çıkmaya davet etti. Hemen bir miting düzenletti. Mustafa Kemal Samsundayken orduda görüş ve eylem birliğini sağlamak için 15. Kolordu Komutanı Kâzım Karabekir Paşa ve Ankara’da 20. Kolordu Komutanı Ali Fuat Paşa ile temasa geçmiştir. 27 Mayıs’ta Ali Fuat Paşa’dan Afyon’da bulunan 23. Tümenin gücünü ve görevini sordu. Aynı gün Konya’daki Yıldırım Orduları Müfettişliğinden de aynı konuda bilgi istediği gibi, Konya’da bir “Vatan Ordusu” kurulduğuna dair olan haberler hakkında bilgi rica etti. Ali Fuat Paşa, verdiği cevaplarda, 23. Tümenin mevcudunun ancak 970 kişiyi bulduğunu, Manisa’nın da işgal edildiğini haber verdi. Konya’dan gelen cevapta, Manisa ve Aydın’ın işgal edildiği, Afyon’daki tümenin takviye edildiği, Rum olan mutasarrıfın değiştirildiği, asayişi muhafaza ile her türlü işgal olayına her türlü vasıtayla karşı konulacağını bunun için hazırlık yapıldığı bildiriliyordu.
Mustafa Kemal görev alanında bulunan kolordu ve idare adamlarıyla komşu illerdeki komutan ve idarecilere, 28 Mayıs tarihli bir genelgeyle Manisa ve Aydın’ın işgal edildiğini, yurt bütünlüğünün korunması için, dört gün süreyle büyük ve coşkulu mitingler yapılmasını, büyük devlet temsilcilerine, Babıâli’ye tesirli telgraflar çekilmesini, Hristiyanlara karşı düşmanca hareketlerden kaçınılmasını istedi.
